すでにすべての端末アプリは v0.37以上に強制アップデート済みなので、
技術的にはニャンティックは今すぐにでもピゴサや他のスキャナーは止められる。

じゃあなんで止めないかというと、以下は推測だけど、

1) ピゴサのようなサーバーで集約するタイプのスキャナーは、ニャンティックサーバーの
負荷という観点からは無視できるレベル。
ピゴササーバー300台というとこだから、ワーカースレッドはせいぜい数千といった
ところだろう。日本のユーザー数百万のオーダーと比べたら全然どうでもいいレベル。

2) よく議論されているようにスキャナー・マップアプリを止めちゃうと、
ユーザーが激減する恐れがある。
アクティブユーザー数が減ると、コンビニと進めている提携だとかが不利になる。

3) ポケモンGO 本体アプリに真っ当なスキャナー機能を搭載して、そのうえで
外部のスキャナー・マップアプリを止めるという落としどころを探っている
(個人の推測です)