そのラフレシア2016年くらいに捕まえたやつじゃない？
第二世代が実装されたとき(2017年2月くらい？)に性別の項目が追加されたけどそれ以前に捕まえたポケモンは図鑑に反映されない

図鑑を埋めるには改めてラフレシアの♂♀を捕まえるか進化させるしかない
俺も当時は憤慨した