バンドル購入で購入済の分を引かれてバンドルが買えるかどうかはゲームによるね、選べないゲームダメだとおもう
あと、アカウントから完全に削除する場合はsteamランチャーのヘルプ→Steamサポートから削除したいゲームを選んで「アカウントから永久に削除」だけど、特にバンドルのオマケとかなくて値段も同じぐらいならば単体で買っておけばいいと思うよ