ニンテンドーeショップでダウンロード版を購入すると、ゲーム内で使用できる主人公の衣装変更アイテム「聖なる騎士と読書家の水着セット」と序盤で役立つ「新米隊員お助けアイテムパック」が手に入る。
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さらに本作のゲーム本編と、主人公の衣装を変更できる追加コンテンツ「ルーンファクトリー4 ヒロイン候補・ヒーロー候補衣装セット」がセットになったデジタルデラックス版が同時発売される。価格は8,778円（税込）。こちらも6月7日23時59分までは、10%オフの7,900円（税込）で購入できる。
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