余らせていた部品は961さんの言う通り光軸調整のネジで
これはカウルの取り外しに必要なかったですね。

あと余分に取りはずしていたクリップは
サイドカウル一番前に取り付けているクリップのすぐ真下の底板裏のクリップだったので
これを取り付けたら底板のぐらつきがなくなったのか、
サイドカウル真ん中底のクリップも取り付けできて
サイドカウル前の隙間も解消しました！