初期型
06年、ER-6n/ER-6f（北米はNinja650R）がER-5の後継として発売。日本ではブライトがER-6nのみ扱う（日本での取扱カラー、n＝銀・黄・黒）
07年、日本ではブライトがER-6fの扱いを始める（n＝オレンジ・黒/f＝黒・青）
08年、色変更のみで動き無し（n＝青・緑/f＝黒・赤）

２型
09年、n/fモデルチェンジ。エンジンラバーマウント化や外装の一新など（n＝黒・白/f＝青・黒）
10年、マレーシア仕様のみスプロケなど一部変更（n＝黒/f＝白・黒）
11年、日本ではfの名称がNinja650Rになる（n＝白/f＝オレンジ・黒）

３型
12年、n/fモデルチェンジ、フレームなど一新。日本ではfの名称がNinja650になる（n＝黄・黒/f＝緑・黒）
13年、色変更のみで動き無し（n＝赤・緑/f＝白・緑）
14年、色変更のみで動き無し（n＝黒/f＝緑・オレンジ）
15年、色変更のみで動き無し（n＝未定、14モデルを継続販売？/f＝緑・黒）
16年、色変更のみで動き無し

4型
17年、フルモデルチェンジ nはZ650となる(緑・黒)
18年、色変更のみ ABS標準になりABSの文字無し(青・黒)

72.1ps/8,500rpm、6.7kg/7,000rpm(EU/US・10マレーシア仕様・11アジア一般）
62.5ps/7,000rpm、6.4kg/6,500rpm(〜08マレーシア仕様)
70.7ps/8,000rpm、6.7kg/7,000rpm(09マレーシア仕様)
71ps/8,000rpm、6.5 kg/7,000rpm（12〜アジア一般）
68ps/8,000rpm、6.6kg/6,500rpm (17〜)

燃料タンク容量15.5L(〜11）、16L（12〜16）、15L (17〜)
乾燥重量174kg/n、178kg/f（〜08）
車両重量200kg/n、204 kg/f（09〜11）
車両重量204kg/n、209kg/f(12〜16)
車両重量1??kg/n、193kg/f(17〜)