自分の考察としては

時のオーブを割らない選択（ベロニカ死亡）をしたそのままの続き
→天空派生
・時のオーブを割った時、やけに刀身破壊をアップで演出してたのは天空ルート分岐の消滅を表しているのではないかな？
・割らない選択ならロトの勇者として後世に伝わっていないのも納得

時のオーブを割った後の世界
→ロトの勇者ルート
・生まれた時点で勇者（の証を所持）である主人公がおこなった事により世界自体巻き戻り
　巻き戻りじゃないと仲間が薄っすらと記憶を有している辻褄が合わない
・後にロトゼタシアはアレフガルド世界へ
・EDの1勇者は後にこの世界はアレフガルド化した事を意味しているのではないか

セニカ時渡り
・セニカは勇者の証を渡されただけなので世界ごと巻き戻る事はなく、結果的に自分だけ時渡り
・もしくは>>923と同じような考えだがパラレル化
・EDのラストの３勇者と母親のシーンはそのまま3の上世界へと続いてる事を意味している
・なのでセニカとローシュの子孫が３勇者であり、セニカルートは3の上世界化ルート
・イレブン君とセニカは共に違う世界として分岐したが、後に邪神復活の前兆で2つの世界の亀裂としてギアガの大穴が出現（邪神は後のゾーマ）

なんで完全な勇者だと世界自体巻き戻るの？とか色々突っ込み所あるけど
個人的にはこう解釈したわ
でもこれだと３で下世界の住人が「アレフガルドの住民はギアガの大穴を通って上の世界から移り住んだ人の子孫」
と矛盾しそうだけど、11の後になんか色々あったんだろうと脳内保管　妄想でしかないけど

ロトシリーズから何十年も経ってこうしてまたロトの考察、妄想できるって嬉しいね