まだ試してないけど、ネクロフォビア消失はボス戦の順番からしたらツインタニア絡みとか？
ツインタニアの通常時とチャージ時が別物だから、そのどっちかの討伐時にしか撃破フラグが無いとかで、次ボスのネクロフォビアに影響してる可能性はあるんじゃない？