とりあえず第1、第2共に必須イベントのみ(+ギルガメ)こなし第3世界、飛空艇使用可能まで進めてセーブ
ここから
狭間直行、順番通りに石版回収して狭間へ、3と4の石版回収順を逆にして回収し狭間へ
の3パターンで確認してみた

結果は全てネクロフォビアはいた
このことから原因は中断にあるかもしれないと推測する

いなかった人は中断セーブはどれぐらい使っていたか教えてほしい