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その中だと週間報酬が増えるので殲滅1800にするのが優先かなと

統合戦略は理性消費がなく、月次小隊と今月の依頼という月替わりミッション的なものがあるので、最低限ここは消化しつつ時間がある時に通常探索や多面調査も進めておくと、都度報酬も貰えるので良いです

メインストーリーはキャラ増えたりするのでぼちぼち進めましょう
資源調達もぼちぼち進めましょう。基地拡張やら購入資格証でのキャラ取得やらあるので

エピソードとサブストーリーは一部素材回収効率の良いステージがあったりはするけど、常設だし特別な報酬もないので優先度下げて、石が欲しくなった時にでもどうぞ