以下収録されなかったステージ一覧

【64】
惑星ゼーベス
セクターZ

【DX】
ミュートシティ
いにしえの王国
アイシクルマウンテン
ポケモン亜空間
フラットゾーン(※)

【X】
大滝のぼり
フラットゾーン2(※)
ピクトチャット

【3DS】
レインボーロード
パックメイズ

【Wii U】
バナナジャングル
パイロスフィア
ヨッシー ウールワールド
オービタルゲート周域
Miiverse

※フラットゾーン2(X)にフラットゾーン(DX)のギミックを追加したフラットゾーンX（Wii U）が登場