古い例だがリブルラブルやアサルト、クレイジークライマーのような２本のスティックを左右対称の使い方をするゲームのことを考えると、
論理的に考えて左右のスティックは対称の位置にある方が自然だと思うんだが。
(あくまでそういうタイプのゲームという例であってそれらの移植作品が出るかどうかの問題ではない)
しかし、両スティックを非対称な機能で使うようなソフトで、人によっては非対称位置の方がいいという意見があることも事実だから、
十字キーと左スティックが外れて交換できるようになってるのがベストだな。
実際マッドキャッツの製品でそういうのがあったが、標準化されないのはコストの問題か？
あるいは２つのタイプのコントローラを併売するとか。

上記の理屈をふまえてもXBOX系のコントローラのスティックが非対称固定になってる理由がわからん。
対称固定か可変かどちらかであるべきだろ。
上記の例のようなソフトが出たときのことを考えてないのか？