１の終幕と２の終幕は時間的にも同期してる、それ示してるのが２終盤で挿入されるシュルクの台詞
エンディングでシュルクは「神無き世界」を望み、１の世界にいた生き物は
レックスが再生した地球に転移した、と考えれば一応矛盾はないんじゃないかな