1.9-pre3からマルチのワールドでもresources.zipが含まれていれば
リソースパックが適用されるように修正されたらしいですが、自分が試したら全く反映されませんでした。
自分のやり方が間違っているのかまだ修正されていないのかすら分からないので、なにか知っている方がいたら情報提供をしてくれると助かります。