>>753
Mod作成の経験の上で言うと、構造物生成後になんらかの地形操作(乱数の使用)を行うと地形が変わります
詳しく説明しますと、マイクラの地形は乱数によって生成されますが、地形生成後の乱数は初期化されないまま使い回されるからです

地形生成の順番
　1　バイオーム分布生成（はじめに乱数をSeedで初期化)
　2　村、要塞、ピラミッドなどの構造物生成（乱数は構造物毎にSeedで初期化)
　3 木や草、洞窟やスポナー、鉱物の分布（それぞれ乱数は初期化しない※）

※ここで乱数が初期化されないため、バニラでもバージョンによって洞窟生成などが異なる