ハーネスが具合が悪い場合は断線で電気が流れない状態になるんで
抵抗値が増えて電圧が低下するってのはほとんどないと思う
試しにジェネレーターやレギュレータのコネクタを抜き差ししてみるとかやってみたら？

てかまずヘッドライトの電圧計ってみたのかな？