自分も電気にあまり詳しくないからハッキリとは言えないけど、一応、フラマグ点火のモデルはステーターに点火用と灯火用(または充電用)のコイルがあります。
ですので灯火やそれに伴うバッテリーが12Vでも点火コイルが12Vと決まっている訳ではありません。
実際、フラマグ点火6V灯火の車両を12V化する際も点火系は元のままで灯火や充電に関わる電装のみ12V用に交換しています。

ベスパ用の12V化キットはステーターからHTコイルまで同梱されてるから勘違いや思い込みをしてしまう事もあるのかも？
ET3に限った話ならば更に詳しくないので間違ってたら許して！