オイルパンやエキパイにジャッキをかけてバイクを持ち上げるのは、傷や破損の可能性があるから御法度ですよ
ものによっては、サービスマニュアルにエキパイやオイルパンにジャッキをかけるなと書いてあったりします
アンダーフレームの無いバイクは、フレームスタンドや車用のエンジンクレーン等を使用しましょう

フレームスタンド
https://www.monotaro.com/g/01311461/

エンジンクレーン使用例
https://motoapex.naturum.ne.jp/e2142241.html

さて、ステアリングステムの締め付けですが、トップブリッジは外さないでも工具が入れば出来ますが、入らない場合は外しましょう
あと、規定トルクで締めるのも大事ですが、ガタが出ずにスムーズに動くように締め付けましょう
経験上、新車で買ったバイクは全て>>369と同じ症状があり、自分で締め付け直しました
締め付け過ぎるとステムの動きが悪くなり大変危険なので、気を付けて整備して下さい
整備後は安全な場所、安全な速度で試走して確認して下さい