よくわからんのでいろいろ試してみた。
AVアンプはSONYのTA-DA3200ESという古いアンプ。
スピーカーはフロント2本だが、5.1chでアンプに音声入力されているか否かはアンプの表示で認識可。

NEXUS７のNetfroxアプリ→Chomecast→（HDMI）→AVアンプ→（HDMI）→テレビ
→日本語（ステレオ）

PS3→（HDMI）→AVアンプ→（HDMI）→テレビ
→日本語（5.1）を認識

PC→→（HDMI）→テレビ
　　　↓
　　　→→（光デジタル）→AVアンプ
→日本語（ドルビーデジタルプラス5.1）を認識

PC→→（HDMI）→モニタ
　　　↓
　　　→→（アナログ）→PCスピーカー
→日本語（ドルビーデジタルプラス5.1）を選択可（PCスピーカーは5.1ch対応ではない）

NEXUS７のGoogle Playムービーアプリ→Chomecast→（HDMI）→AVアンプ→（HDMI）→テレビ
→5.1chを認識

というわけで、Netflixアプリの問題ってことみたい。アップデートでの対応に期待する。