公式のMod stationは自分も既に入れてあるMODを全部消して上書きみたいな感じでデリートされてる
アスラインにもあったように恐らくMOD内をクリーンにして入れる方法とかそのまま上書きするだけの方法とかあると思うんだけど
Mod stationはなにぶんエゲレス語を読む気になれなくて適当に設定してたせいかクリーンインストールになってるんだと推測してる
まぁMod stationを先に設定して、それ以外のMODは後から入れるってのをやると問題ないのでそのままやってる