世界は収束するって考えだすと訳わかんなくなるけど
ある日覚醒セーニャが目を覚ますと過去編のセーニャになってて
そこに主人公とベロニカが居るっていう解釈かな

主人公も過去に飛んだ時点で若干記憶あいまいになってたふしがあるし
元世界の記憶をうっすらとこんなこともあった気がすると残した状態くらいになって
過去編のセーニャと融合して世界が一つになっておわり

だいたいこれで合ってるよね