推測かつ具体的な説明でなくて申し訳ないんだが、ホッパー内に既にアイテムが存在するかしないかで微妙にアイテム吸い込みのタイミングが変わる、という話と同じように、内部処理の書き方上そうなる、というタイプの動作な感じがする
ちなみに発生したパルスは1tickのものなのか？