いまだに「原付二種」って言葉が何なのかわかってないやつが多いんだな。
道路運送車両法の区分はメーカーが設計製造する時と税金搾り取る時だけ使うもの。
道路交通法も駐車場法も「小型自動二輪車」だ。自転車扱いしてもらえるのは50ccまで。
250ccを「軽二輪」とか400㏄を「二輪の小型自動車」とか呼んだことないだろ？

駐輪場に「原付」としか書いてないならが50cc以上を指していることはありえない。
それ以上の排気量を受け入れてる所は駐車場法の届出をしてるか無法地帯かのどちらか。
いずれにしても駐車場法、消防法、建築基準法の処罰対象になるのは運営者側だから
聞いてだめなら自治体の道路課に「125㏄の駐車場所がない」って苦情入れろ。