アバターでストーリーと両立させたいなら
外見年齢とか設定固定で男女主人公から選ぶとかそういうのしかない

差分作る手間がかかるし
ギアスからブレイドまで主人公の性別変えるとあからさまに物語が変わるからゼノシリーズには全く向いてるとは思わないけど
クロスですらPTの主要人物考えると男主人公のが向いてただろうからな

男女主人公作っていちいち差分作るくらい手間かけるなら
そもそもウィッチャー形式でストーリーも重視で分岐もあるオープンワールドRPG真似るのが一番だと思うけど